Termopaaride õige kasutamine ei taga mitte ainult täpset temperatuurinäitu ja toote kvaliteeti, vaid säästab ka termopaari materjalikulu, säästes nii raha ja garanteerides toote kvaliteedi. Vale paigaldus, soojusjuhtivus ja ajavahe on peamised vigade allikad termopaari kasutamisel.
1. Ebaõige paigalduse tõttu tekkinud vead
Näiteks ei pruugi termopaari paigalduskoht ja sisestussügavus kajastada ahju tegelikku temperatuuri. Teisisõnu ei tohiks termopaari paigaldada uksele või kütteelementidele liiga lähedale ning sisestussügavus peaks olema vähemalt 8-10 korda suurem kui kaitsetoru läbimõõt; vahe termopaari kaitsekesta ja seina vahel ei ole täidetud isoleermaterjaliga, mistõttu kuumus väljub ahjust või siseneb külm õhk. Seetõttu tuleks termopaari kaitsetoru ja ahju seina ava vaheline pilu tihendada tulekindla savi või asbesti köiega, et kuuma ja külma õhu konvektsioon ei mõjutaks temperatuuri mõõtmise täpsust; termopaari külm ühenduskoht on ahju korpusele liiga lähedal, mistõttu temperatuur ületab 100 kraadi; termopaar tuleks paigaldada tugevatest magnet- ja elektriväljadest võimalikult kaugele, nii et termopaari ja toitekaableid ei tohiks häirete ja vigade vältimiseks paigaldada samasse torusse; termopaari ei saa paigaldada kohtadesse, kus mõõdetud keskkonnas on vähe voolu. Termopaari kasutamisel gaasi temperatuuri mõõtmiseks torus peab termopaar olema paigaldatud vastupidiselt voolusuunale ja täielikult gaasiga kontaktis.
2. Isolatsiooni halvenemise tõttu tekkinud vead
Näiteks kui termopaar on halvasti isoleeritud või kui kaitsetorule ja klemmplokile on liiga palju mustust või soolajääke, mille tulemuseks on termopaari pooluste ja ahju seina vaheline halb isolatsioon, on see kõrgetel temperatuuridel veelgi tõsisem. See ei põhjusta mitte ainult termoelektromootori jõu kadu, vaid tekitab ka häireid ja sellest tulenev viga võib mõnikord ulatuda sadade kraadideni.
3. Termilise inertsi tekitatud vead
Termopaari termilise inertsi tõttu jääb instrumendi näidatud väärtus mõõdetud temperatuuri muutusest maha. See efekt on eriti ilmne kiirete mõõtmiste ajal. Seetõttu tuleks võimalusel kasutada peenemate termoelektroodide ja väiksema kaitsetoru läbimõõduga termopaare. Kui mõõtmiskeskkond seda võimaldab, võib kaitsetoru isegi eemaldada. Mõõtmisviivituse tõttu on termopaari tuvastatud temperatuurikõikumiste amplituud väiksem kui ahju temperatuurikõikumiste amplituud. Mida suurem on mõõtmise viivitus, seda väiksem on termopaari kõikumiste amplituud ja seda suurem on erinevus ahju tegelikust temperatuurist. Suure ajakonstandiga termopaari kasutamisel temperatuuri mõõtmiseks või reguleerimiseks, kuigi instrumendi kuvatav temperatuur kõigub väga vähe, võib ahju tegelik temperatuur oluliselt kõikuda. Temperatuuri täpseks mõõtmiseks tuleks valida väikese ajakonstandiga termopaar. Ajakonstant on pöördvõrdeline soojusülekandeteguriga ja otseselt proportsionaalne termopaari kuumaühenduse läbimõõduga, materjali tihedusega ja erisoojusega. Ajakonstandi vähendamiseks on lisaks soojusülekandeteguri suurendamisele kõige tõhusam meetod kuuma ristmiku suuruse minimeerimine. Praktikas kasutatakse tavaliselt hea soojusjuhtivusega materjale koos õhukese{10}}seinaga väikese{11}}läbimõõduga kaitsetorudega. Temperatuuri täpsemate mõõtmiste puhul kasutatakse paljast{13}}traadist termopaare ilma kaitsetorudeta, kuid need termopaarid saavad kergesti kahjustada ning need tuleks viivitamatult kalibreerida ja välja vahetada.
4. Soojustakistuse viga
Kõrgetel temperatuuridel, kui kaitsetorule koguneb tahma- või tolmukiht, suureneb soojustakistus, mis takistab soojusjuhtivust. Sel juhul on näidatud temperatuur madalam kui mõõdetud temperatuuri tegelik väärtus. Seetõttu tuleks vigade vähendamiseks hoida termopaari kaitsetoru välispind puhtana

